1795-1796. Indispensables aux médecins et aux vétérinaires, les plantes deviennent, à la fin du XVIIIe siècle, nécessaires également à d’autres corps de métiers présent à Lyon. Elles servent en effet de matières premières aux agriculteurs, aux ébénistes, aux teinturiers, aux chimistes et en particulier aux soyeux, principaux industriels de la ville, qui utilisent les plantes tant pour la coloration de la soie, que pour créer des motifs floraux. La création d’un jardin botanique d’envergure devient alors indispensable pour l’activité économique de la ville.

Jean Emmanuel Gilibert crée le jardin des plantes sur les pentes de la Croix-Rousse dans l’ancienne abbaye de la Déserte.

1805 : devient « Jardin de l’Impératrice », en hommage à Joséphine de Beauharnais, qui fait don d’une partie des plantes exotiques de sa collection.

1831 : Charles Nicolas Seringe, nouveau directeur, apporte de grandes transformations, comme la création en 1832 d’une collection de plantes médicales pour les étudiants de médecine et de pharmacie. Il donne des cours à la faculté des sciences mais aussi aux élèves de l’école de dessin du palais Saint-Pierre.

1834 : Seringe réalise le premier étiquetage systématique des végétaux pour que le public puisse reconnaître les plantes. C’est aussi à cette date que Gabriel Prunelle, maire de Lyon, met le jardin à la disposition de la faculté des sciences.

1853 : le jardin des plantes est ravagé par un ouragan.

1857 : profitant de la création du Parc de la Tête d’Or, Seringe transfère les collections végétales et le jardin des plantes dans ce nouveau lieu.

1859 : le jardin des plantes prend le nom de jardin botanique.

Mais les événements politiques, le désintérêt de la botanique font tomber à l’abandon progressivement le jardin.

1876 : face à l’état catastrophique des serres, la disparition de certaines espèces, la Ville de Lyon mène une politique rigoureuse de reconstruction des serres et plus généralement du Parc de la Tête d’Or.

1888 : les collections de plein air sont enrichies d’un jardin alpin et d’un jardin mexicain et dans les grandes serres le pavillon central devient au fil des décennies un véritable jardin tropical.

Le Jardin botanique de Lyon, toujours situé au sein du Parc de la Tête d’Or, s’étend sur 8 hectares dont 6 500 m² de serres.