Le jardin doit son nom à sa créatrice Marie-Louise Cognac-Jaÿ, fondatrice avec son mari des grands magasins de la Samaritaine à Paris. Originaire de Samoëns, elle décide de bâtir, sur la colline où dit-on elle menait les chèvres étant enfant, un prestigieux jardin botanique alpin. En 1903 elle achète le terrain, consulte savants et botanistes dont Albert Kahn, et confie la direction des travaux à l’architecte paysagiste genevois Louis-Jules Allemand. En 1906, après trois années d’effort, le jardin est inauguré et offert au village de Samoëns. Aujourd’hui le jardin est sous la direction du Muséum d’histoire naturelle de Paris.