L’histoire du Parc Borély débute au XVIIe siècle, lorsque Joseph Borely, issu d’une famille d’armateurs et de négociants marseillais, décide de constituer un domaine dans le quartier de Bonneveine, pour y établir une de ces « maisons des champs », ou « bastides », qui, pour la bourgeoisie locale, conjuguent jusqu’au XIXe siècle, les fonctions d’agrément et de rapport.
Constituée initialement de « terre, vigne, prés, jardins, arbres et bâtiments », la propriété s’agrandit tout au long du XVIIIe siècle, jusqu’à ce que Louis de Borely, de retour d’Egypte annobli et enrichi, entreprenne de faire construire une élégante bastide dont la réalisation finale sera confiée à l’architecte provençal Esprit Brun. Lorsque Louis-Joseph Denis de Borely hérite du domaine en 1770, il fait appel au paysagiste Embry dont le jardin classique, conçu dans l’esprit de Le Nôtre, semble avoir été en grande partie réalisé.
Au milieu du XIXe siècle, alors que les descendants de Joseph Borely n’habitent plus la bastide de Bonneveine, Paulin Talabot, directeur de la Compagnie de chemins de fer PLM et de la Compagnie des docks envisage d’y construire des entrepôts. Puis, afin de terminer sa ligne de chemin de fer Lyon-Marseille, il propose à la Ville d’échanger divers terrains des Chartreux, dont celui sur lequel est installé le jardin botanique, contre la propriété Borely.
Devenue propriétaire du domaine, la ville de Marseille sollicite Alphan, paysagiste renommé, assisté de son collaborateur Barillet-Deschamps, pour y réaliser un parc public. Le projet retenu prévoit trois parties distinctes, un jardin à la française, un parc à l’anglaise, et un champ de courses en front de mer. Les élégantes constructions en bois ajouré et les pavillons des gardiens à l’entrée du parc, illustration de l’éclectisme architectural de la seconde moitié du XIXe siècle, ont disparu, tandis que le « pavillon du lac », autrefois laboratoire de botanique de l’Institut colonial, abrite aujourd’hui un restaurant. Une roseraie a été créée en 1923 sur l’emplacement de l’ancien jardin botanique, installé depuis 1880 dans le parc Borély et déplacé en 1915 sur son emplacement actuel , et, en 2002 ; deux hectares de promenade ont été aménagés vers la mer.