Dès 1934, le professeur Paul Jovet publie notes et mémoires sur la végétation et la flore du Pays basque. En octobre 1954, il est nommé directeur du Laboratoire du Muséum national d’histoire naturelle à Biarritz. Il déplore la disparition d’espèces, de biotopes, de paysages et défend l’utilité des jardins botaniques pour le maintien de la biodiversité.
C’est à son contact que se fait jour dans les années 1980, chez les acteurs environnementaux du Pays basque, une prise de conscience forte, de la nécessité de « porter à connaissance » et de « préservation ».
1980, avec le soutien du maire M. Ithurralde, Paul Jovet, Bernadette Lizet, Pierre Lamarque et Gil Laës de la SEPANSO-Pays Basque retiennent le site d’Archilua pour y établir le Jardin botanique.
1985, les naturalistes autour de Paul Jovet, dont Anne-Élizabeth Wolf, réalisent, avec des jardiniers du service des espaces verts, les premières plantations sur le terrain de la station d’épuration de Saint-Jean-de-Luz, récemment bâtie.
1989, l’équipe de maîtrise d’oeuvre chargée de créer le jardin d’Archilua sur le site de la station d’épuration est constituée. Elle est composée d’agents de services techniques municipaux, d’adhérents des associations Drosera et SEPANSO, de l’équipe liée au Muséum national d’histoire naturelle.
1990, la municipalité embauche Michel Arrayago, jardinier dont la candidature a été retenue par Paul Jovet et son équipe, pour réaliser le jardin.
1991, le décès de Paul Jovet ne met pas fin au projet. Le modelage du Jardin va commencer sur les plans d’Anne-Élizabeth Wolf : terrassement, clôtures, allées, creusement du bassin... Les gros équipements sont réalisés ainsi que les plantations structurantes : haies, brise-vent, boisements. Le premier Comité de pilotage est mis en place.
1994, « L’Association Paul Jovet pour le jardin botanique de la flore littorale et des espèces menacées du littoral Basque » est déclarée en préfecture le 22 décembre avec pour présidente fondatrice Anne-Élizabeth Wolf. Inauguration du « Jardin botanique Paul Jovet », le 21 juin. « En vue du développement du Jardin, l’Association s’engage à mettre en oeuvre un programme de plantation et à assurer l’animation sur la base d’un programme annuel » : première convention signée avec la mairie.
1995 (22 mars), dépôt du permis de construire du bâtiment d’accueil. Cependant les demandes de subventions correspondantes ne sont pas confirmées. Le décès de Jean Bost (professeur de biologie, initiateur et animateur de très nombreuses associations d’étude et de protection de notre patrimoine environnemental, il avait pris une part décisive dans l’idée de créer ce jardin botanique et en avait soutenu fermement le projet) et le changement de municipalité induisent une mise en sommeil du projet. Néanmoins l’entretien du Jardin, non encore totalement planté, est assuré par le service des espaces verts.
1995 à 1999, diverses actions sont menées conjointement par les associations « Drosera » et « Paul Jovet » afin de redynamiser le projet.
1996, plantation d’arbres, au Jardin, en hommage à Jean Bost.
1997, rendez-vous à Saint-Jean-de-Luz, entre le député-maire et Suzanne Jovet-Ast, et à Paris à l’Assemblée nationale, avec des scientifiques du Muséum.
1998, exposition « Jardins botaniques » afin de sensibiliser les Luziens. Nouvelle convention de partenariat avec la municipalité pour la mise en valeur du Jardin, et les conditions de fonctionnement.
1999, enquête sur l’organisation, la gestion, le financement de divers Jardins botaniques français, dont le résultat est fourni à la municipalité. Le Conseil d’Administration passe de 4 à 7 personnes. Son siège est transféré à Sagardian. 10 adhérents constituent « Les Amis du Jardin botanique Paul Jovet ».
2000, l’audit réalisé par un cabinet spécialisé marque la première phase de la volonté municipale de reconsidérer la faisabilité du Jardin botanique.
2001, la mairie s’engage en nommant le conseiller chargé de l’environnement, responsable de l’organisation de Comités de pilotage réguliers. L’Association organise des activités de plus en plus nombreuses, et se renforce.
2002, 20 adhérents, la municipalité engage les gros travaux de réhabilitation indispensables à la mise en valeur du Jardin et subventionne l’Association pour lui permettre d’engager son premier salarié, jardinier-botaniste-animateur : Domeka Zubeldia.
2003, 51 adhérents, un abri permet à notre jardinier de faire face à ses diverses tâches. Premières récoltes de graines (armoire réfrigérée), premières étiquettes botaniques (machine à graver), premier échange de plantes. Mise en chantier de la conception des tables signalétiques des grands milieux, désormais bien représentés au Jardin.
2004, 76 adhérents, publication d’un premier document « Jardinons ensemble ». Premiers stagiaires au Jardin, première convention avec l’association A.D.E.L.I. (insertion par l’environnement), participation aux journées techniques organisées par les Jardins botaniques de France et des pays francophones.
2005, 81 adhérents, implantation du labyrinthe arbustif. Les milieux s’enrichissent de nouvelles plantations, l’espace technique du Jardin est aménagé, une parcelle est réservée au groupe jardinage. Les actions pédagogiques et d’accueil ponctuel se poursuivent ainsi que la réception de stagiaires. Réalisation du dépliant sur le Jardin botanique Paul Jovet, distribué lors de l’inauguration du Sentier littoral.
2006, 90 adhérents, création du Jardin des Utiles. Le permis de construire de la Maison Jean Bost, lieu d’accueil et de pédagogie, est accordé le 22 août. Les activités pédagogiques, d’animation, de structuration de l’Association s’amplifient : création d’un groupe communication pour la création d’un site web, d’un dépliant, en prévision de l’ouverture au public du Jardin.
2007, 134 adhérents, création d’un poste de direction qui complète l’équipe en place : jardinier-botaniste-animateur et jardinier-animateur. Remaniement et plantation de la rocaille abritée. Enrichissement de la chênaie et de la pinède. Réfection des carrés botaniques expérimentaux en bois de robinier rétifié, et de l’amphithéâtre en troncs de pins recyclés. Terrassement et mise en chantier de la Maison Jean Bost. Réception le 31 août de l’expédition : « Sur les traces d’Augustin Pyramus de Candolle 200 ans après ». Le volume des animations scolaires devient conséquent : 459 élèves sont reçus au Jardin. L’Association est prête à ouvrir le Jardin au grand public.
Ouverture du Jardin botanique littoral Paul Jovet le 22 mars 2008.
En 2009, le Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique y établit son relais méridional.
En 2010 et 2011 : l’association compte quelques 160 adhérents et 3 1/2 postes salariés. Elle développe ses activités de sensibilisation au patrimoine naturel local (dominante botanique), ainsi que ses activités de botanique appliquée comme la revégétalisation de la lande littorale, le transfert d’espèces protégées (grémil prostré et séneçon de Bayonne).
En 2010, l’Association a accueilli 1102 élèves dont 27 % en langue basque. Les plantations du Jardin gagnent en maturité, les travaux s’y font en partenariat avec les services espaces verts de la ville de Saint-Jean-de-Luz et l’association d’insertion ADELI.