Situé au lieu-dit « Pierre Folle », sur la commune de St-Jean-des-Vignes (Rhône), ce jardin fut créé, à partir de 1987, sur les zones remblayées d’une ancienne carrière de la société Lafarge Ciments où l’on peut voir des objets géologiques remarquables, dont une très belle faille. Ceux-ci ont justifié l’aménagement d’un site, ouvert au public, sous forme d’un parc géologique et botanique.
En septembre 1988, le sentier géologique, expliqué par des panneaux d’information, fut inauguré en présence du volcanologue Haroun Tazieff, alors que les premières plantations d’arbres et d’arbustes avaient été effectuées lors de l’automne précédent. Des espèces herbacées furent ensuite plantées ; tous les végétaux furent étiquetés et des panneaux d’information botanique furent installés. Le jardin botanique, ainsi développé progressivement de 1987 à 1994, put être inauguré en avril 1995. Entre temps, une association, l’association Espace Pierres folles, avait été créée pour gérer le site et étudier la construction d’un musée. Elle réunit environ 150 adhérents et les représentants des 11 communes de la région Beaujolais-Azergues ayant constitué un SIVU pour la construction du musée : Alix, Belmont d’Azergues, Charnay, Châtillon d’Azergues, Chessy-les-Mines, Civrieux d’Azergues, Lozanne, Marcy-sur-Anse, Morancé et St-Jean-des-Vignes. Ce musée fut inauguré et ouvert au public en avril 1992. L’aménagement du site et la construction du musée purent être réalisés grâce à des subventions publiques et à la participation des communes concernées, mais aussi avec l’aide de plusieurs sponsors (Société Lafarge Ciments et Crédit Agricole notamment) et celui de nombreux bénévoles membres de l’association.