La création du premier Jardin botanique de Lyon remonte à 1763 – 1764 et coïncide avec la création de l'Ecole Royale Vétérinaire. A cette époque, la ville est régulièrement décimée par des maladies qui touchent les animaux et l'école constitue un moyen de lutter contre ces fléaux. Un jardin de botanique devient très vite indispensable au sein de l'école pour avoir des plantes à disposition et soigner les animaux. En 1763, avec son ami Claret de la Tourrette, l'abbé Rozier crée un jardin botanique au sein de la première école vétérinaire de France fondée par Bourgelat. Celui-ci le charge de diriger le jardin puis le fait nommer Directeur de l'Ecole. Ensemble, ils réunissent 600 plantes usuelles et 1 200 plantes alpines et étrangères. Le jardin devient vite très réputé et rayonne au niveau régional et national. Il attire de nombreux botanistes, parmi lesquels un certain Jean-Jacques Rousseau qui vantera les mérites de ce jardin dans sa correspondance. En 1783, Rozier est nommé membre de l'Académie des Sciences de Lyon et s'installe définitivement en 1786 sur les pentes de la Croix Rousse. Il participe à la création d'une pépinière-école qui fonctionnera 5 ans. Cette école est à l'origine de la formation de nombreuses pépinières à Lyon qui devient un véritable centre horticole. Indispensables aux médecins et aux vétérinaires, les plantes deviennent, à la fin du 18e siècle, nécessaires également à d'autres corps de métiers présents à Lyon. Elles servent en effet de matières premières aux agriculteurs, aux ébénistes, aux teinturiers, aux chimistes et en particulier aux soyeux, principaux industriels de la ville, qui utilisent les plantes tant pour la coloration de la soie, que pour créer des motifs floraux. La création d'un jardin botanique d'envergure devient alors indispensable pour l'activité économique de la ville. Face à ces besoins, M. de Flesselles, Intendant de la Généralité de Lyon demande au médecin-botaniste Jean-Emmanuel Gilibert, de concevoir un jardin dans le quartier des Brotteaux. Ce projet n'aboutira pas mais il préfigure le futur Jardin botanique de Lyon dans ses missions et ses orientations. En 1796, le Jardin des plantes est installé sur les pentes de la Croix-Rousse et devient en 1805 « Jardin de l'Impératrice », en hommage à Joséphine de Beauharnais, qui fait don d'une partie des plantes exotiques de sa collection. En 1853, le Jardin des plantes est ravagé par un ouragan. Profitant de la création du Parc de la Tête d'or en 1857, Seringe transfère les collections végétales dans un nouveau jardin botanique. Seringe, médecin militaire, s'adonne à la botanique qu'après la fin de la guerre où il parcourt les Alpes bernoises et récolte des plantes pour les expédier dans tous les pays d'Europe. Il devient alors Professeur de botanique et Directeur du Jardin des plantes de Lyon de 1830 à 1858 et il adjoint une école d'horticulture théorique et pratique. Ses travaux, reconnus par De Candolle, s'axent essentiellement sur les plantes utilitaires telles les céréales et l'horticulture. Son herbier est actuellement conservé au Jardin botanique. Sous le Second Empire, la vocation de ce jardin est de porter à la connaissance du public les progrès de l'agriculture et des sciences-naturelles, et surtout la diversité des plantes exotiques importées des Colonies. Les collections de plein air sont enrichies en 1888 d'un jardin alpin et d'un jardin mexicain et dans les grandes serres le pavillon central devient au fil des décennies un véritable jardin tropical. Dans l'école florale, on peut admirer les nouveautés obtenues par les jardiniers du parc et les horticulteurs de la région qui inspire largement les élèves de l'école des Beaux-Arts et les dessinateurs de l'industrie de la soierie, appelée la Grande Fabrique. Un système de retrait de fleurs fraîches grâce, à des cartes, est créé pour qu'ils puissent venir chercher des modèles vivants pour leur création. Les collections du jardin botanique grandissent alors rapidement et s'étendent aux flores tropicales et équatoriales avec l'installation des grandes serres entre 1860 et 1880. Aujourd'hui, le Jardin botanique constitue un lieu touristique à part entière.