Le décret n° 60-516 du 2 juin 1960 crée vingt-et-une circonscriptions d’action régionale pour gérer sur le territoire les services déconcentrés de l’État. Le décret du 14 mars 1964 confie au préfet de région la mission de mettre en oeuvre la politique du gouvernement en matière de développement économique et d’aménagement du territoire de sa circonscription. Ses services sont alors regroupés en une même « mission régionale » rassemblant des collaborateurs choisis parmi des fonctionnaires administratifs ou techniques. Le préfet de région est assisté de la conférence administrative régionale (CAR), organisme composé de fonctionnaires des services techniques de l’État dans la région. Parallèlement, apparaît la Commission du développement économique régional (CODER), organisme destiné à assurer la représentation des collectivités locales – communes et conseils généraux –, et des organisations économiques et sociales de la région.

La mission d’animation de la politique régionale génère des documents liés à la planification des projets, à l’aide publique et au contrôle de services et établissements publics. La mission régionale assure le secrétariat de la CAR et de la CODER principalement, qui sont les instances décisionnelles, mais ses membres participent à d’autres commissions. L’implication dans ces instances est plus ou moins importante (simple suivi ou gestion du secrétariat par exemple).