La Corporation des Apothicaires de Nantes se voit octroyer des statuts dans la deuxième moitié du XVe siècle par François II, duc de Bretagne, qui donnent notamment à ses membres le monopole du commerce des remèdes. Dès sa création, la corporation tient tout à la fois le rôle de collège d’enseignement, de jury de réception pour les grades (apprenti, serviteur pharmacien et maître apothicaire juré de la ville de Nantes), de conseil disciplinaire et de société de défense de ses membres sous le patronage de Sainte Madeleine.

Par ailleurs, en 1687, la ville met à la disposition de la corporation à l’emplacement appelé la Butte sur la motte Saint-Nicolas (actuel emplacement de la cour du lycée Jules Verne), un terrain pour former un « jardin des simples » qui devient Jardin royal par une ordonnance de 1726, avec obligation pour les capitaines au long cours d’y apporter des graines et des plantes étrangères et devoir pour les apothicaires d’envoyer à Paris celles qui ne s’y trouvent déjà. La corporation y fera ériger successivement une salle commune et un laboratoire. Malgré tout, la corporation connaît des difficultés financières certaines tout au long du XVIIIe siècle surtout du fait des impôts royaux.

A la Révolution, les interprétations de la loi sur les patentes et le décret Le Chapelier conduisent à de nouveaux abus des droguistes et des épiciers alors que le jardin est vendu comme bien national en l’an V avant d’être finalement restitué. A la corporation se substitue tout d’abord la Société des pharmaciens, puis un arrêté du préfet Letourneur érige celle-ci en Collège de pharmacie. Néanmoins, en 1808, une loi abolie les collèges de pharmacie locaux et seules les trois écoles de pharmacie de Paris, de Montpellier et de Strasbourg décernent alors le diplôme de pharmacien.

Le collège prend le nom de Société des pharmaciens de Nantes, puis de Société des pharmaciens de l’Ouest en 1845 et de Société des pharmaciens de la Loire-Inférieure en 1866. Enfin, en 1877, après un long procès, la municipalité de Nantes enlève à une société moribonde l’usage de son jardin.