De récents travaux ont mis au jour, dans l’enceinte même du parc, les traces d’une villa gallo-romaine, mais c’est en 1427, par un aveu de Guillaume de Camarec, que l’on trouve pour la première fois la trace écrite du nom de Branféré.
De 1662 à 1857 le domaine est habité par la famille Freslon de la Freslonnière qui fera construire en 1848 le château actuel. En 1857, le Marquis de Barbeyrac de St Maurice acquiert cette propriété pour la céder à Casimir Jourde en 1884. Casimir Jourde, après avoir fait fortune en Amérique du sud, fait de Branféré sa maison de campagne où il reçoit ses enfants. Gaston Jourde hérite du domaine de Branféré. Nelly Rollet son épouse, devient l’âme de Branféré et le restera jusqu’à sa mort. De leur union naîtra en 1907 un fils, Paul Jourde.
Paul et sa femme Hélène Castori, aristocrate italienne, peintre animalier que l’on surnommait « la peintre du paradis » parcourent le monde. Dans les années 1930, ils découvrent en Inde la réserve animalière du Maharadjah de Kutch et décident de faire de Branféré le « Paradis des animaux » en y acclimatant des animaux exotiques découverts lors de leurs voyages. En 1965, encouragés par les pouvoirs publics, Paul et Hélène Jourde ouvrent le parc au public, après avoir consacré près de 30 ans à l’aménager.
En 1986, Paul Jourde s’éteint et laisse Hélène seule héritière du domaine de Branféré. Sans successeur, elle décide, pour conserver l’esprit et la philosophie du parc, de léguer le domaine à la Fondation de France en 1988. Elle décédera peu de temps après.
Dans la continuité de l’oeuvre des époux Jourde, la Fondation de France et la Fondation Nicolas Hulot pour la Nature et l’Homme, en collaboration avec la Communauté de communes du Pays de Muzillac se sont associées pour créer à Branféré, la première école de la biodiversité, l’École Nicolas Hulot pour la Nature et l’Homme. Destinée à sensibiliser les enfants, les jeunes et les adultes au monde du vivant qui les entoure, l’École est ouverte en lisière du parc de Branféré depuis mai 2004.