Nel 1705, in un'area dove già dai primi anni del 600 possedevano stabili e terreni, i Pesaro acquistano sei campi dalla contessa Bonato sui quali faranno edificare la Villa. Il progetto è stato attribuito a Baldassarre Longhena, ma studi recenti rendono più credibile l'attribuzione al suo collaboratore Antonio Gaspari. Il grandioso edificio ha pianta irregolare con la zona nobile, dove sono presenti affreschi, nel lato mediano, mentre le antiche adiacenze, poste lungo la strada per Badia Polesine e in origine distaccate dalla villa, furono trasformate e ampliate dai Salesiani, insediatisi nel complesso nel novembre 1878, che hanno anche introdotto le due ali aggettanti verso la strada per Montagnana. Tra queste le barchesse, in origine destinate a stalle, cui si accedeva mediante un portale a marmi policromi ancora esistente, decorato da una testa alata di Mercurio.