A história do Real Jardim Botânico da Ajuda começa em 1764, nove anos depois do terramoto que abalou Lisboa, e a sua construção na encosta da Ajuda está diretamente ligada a esta catástrofe. No registo da destruição o lugar da Ajuda fez parte das freguesias que não foram afetadas, pelo que foi escolhida para a construção da residência real. O rei D. José, traumatizado pela destruição que o terramoto tinha causado em Lisboa, não queria mais viver por baixo da pedra, decidindo construir a Real Barraca em madeira. Assiste-se a uma situação inédita em que o jardim passa a ser a única peça que dá grandiosidade à residência real: um jardim botânico destinado à instrução dos príncipes e ao recreio da família real. O arquiteto da Casa Real Manuel Caetano de Sousa, sem possibilidade de exercer a sua mestria em edifícios, investe no jardim embelezando-o com balaustradas, escadas bem talhadas, estatuária de grande originalidade e um traçado geométrico em terraços que se adaptam com harmonia à encosta da Ajuda. Para plantar o jardim o rei chama um botânico da Universidade de Pádua, Domingos Vandelli. Em 1811, Félix de Avelar Brotero, o autor da «Flora Lusitânica», é nomeado diretor do jardim e, desejando ilustrar a sua Flora, vai conseguir que as plantas sejam desenhadas e gravadas em chapa de cobre, servindo o jardim como repositório vivo da flora de Portugal. Ao mesmo tempo existe uma divulgação da cultura de novas plantas úteis, como o algodão e o chá, e experimentam-se árvores como o Jacarandá, o Brachichiton, a Sophora japonica e a Schotia, que ainda hoje se podem visitar no jardim. Em meados do século XIX decidiu fazer-se um novo Jardim Botânico no centro de Lisboa e o da Ajuda entrou em decadência. A partir de 1918 o Jardim fica sob a tutela do Instituto Superior de Agronomia e é dirigido, a partir de 1941, por Francisco Caldeira Cabral, professor e fundador do ensino da Arquitetura Paisagista em Portugal e o responsável pelo restauro do jardim depois do grande tornado de 1941. Nessa altura o jardim serviu para desenvolver os conhecimentos de floricultura, perdendo o seu caráter de coleção de plantas. Depois de 1974, com a Direção de António Almeida Monteiro, o Jardim Botânico transforma-se numa estrutura de apoio à investigação universitária. No entanto, a partir da revolução de 1974, a Universidade passa a ter grande dificuldade em manter o jardim, perdendo-se tanto o caráter de coleção e mostruário de plantas, como o de apoio ao ensino. Em 1993 foi enviado um projeto de restauro à União Europeia, no âmbito do Prémio Europeu de Património e, entre as seiscentas candidaturas recebidas em Bruxelas, o Jardim Botânico da Ajuda foi um dos 30 premiados, iniciando-se o projeto de restauro que terminou em 1997.