Éléments architecturaux : Au cœur du grand jardin emmuré (ancien cimetière), oratoire fermé en brique du XVIIIe siècle ouvert en façade d'une porte en plein cintre. Sous la toiture à deux versants, plafond stuqué. Dans le mur d'enceinte ouest, grotte mariale aménagée tardivement. A l'angle sud-ouest, vestiges de murs de l'ancienne distillerie de l'hôpital. Au pied de ceux-ci, escalier de pierre conduisant au jardin suspendu (également emmuré) de la glacière. La construction entièrement masquée sous un long tertre planté de lierre terrestre et de noisetier comprend une cuve ovoïde (8 m de diamètre x 10 m de haut) en brique précédée d'un couloir d'accès descendant et d'une petite pièce formant sas. Construite vers 1860 suivant les règles (accès au nord, long couloir fermé de plusieurs portes, présence d'un sas, cuve voûtée entièrement enterrée), la glacière est remarquablement conservée. Dans le jardin du cloître, adossé à l'aile nord du quadrilatère, portique du XVIIIe siècle - appelé péristyle du puits - délimité par deux rangs de quatre colonnes toscanes en calcaire portant une toiture d'ardoise à croupe frontale sommée d'un petit campanile. L'édicule avait une fonction à la fois utilitaire (lavoir, nettoyage des légumes) et régulière (le son de cloche rythmait les journées des moniales). Devant, monument élevé en 1925 à la mémoire de Marie-Rose Carouy.

Éléments végétaux : Le seul grand arbre de position des jardins est un tilleul à petites feuilles (Tilia cordata) planté à la fin du XIXe siècle au milieu de la cour des Espagnols. Quelques vieux houx (Ilex aquifolium) isolés ou en groupe subsistent au pied des murs ouest et sud du potager ainsi que dans le jardin de la glacière dont le tertre est masqué par du noisetier (Corylus avellana) et du lierre (Hedera helix). Des massifs de rhododendron (Rhododendron hybride) encadrent l'entrée de la glacière. En limite est du jardin près de la porte à Vau, quelques pieds d'aulnes (Alnus glutinosa) bordent le canal.

Potager : Au XIXe siècle déjà, le grand jardin enclos comprend à la fois le cimetière des religieuses et un jardin légumier divisé en « jardin d'en bas » et « jardin d'en haut ». Au début du XXe siècle et jusque 1940, une grande place est réservée aux cultures fruitières - principalement des poiriers - palissées sur les murs est (côté cour des Espagnols) et nord (côté hôpital), conduites en espaliers, en cordons ou en pyramides. Deux carnets de notes manuscrites dressent l'inventaire des variétés cultivées, les formes de culture, le nombre de pieds et les dates de plantation échelonnées entre 1935 et 1939. On y relève le svariétés suivantes : Beurré Six, Beurré Hardy, Beurré Giffard, Beurré Dumont, Beurré Diel, Beurré Dilly, Beurré d'Ellezelles, Beurré Dubuisson, Beurré de Dinant ; Durondeau, Doyenné du Comice, Joséphine de Malines, Suzette de Bavay, Glon Moreau, Soldat Laboureur, Olivier des Serres, Passe Colmar, Bergamotte Hertricht, Duchesse d'Angoulème, Saint-Ghislain, Jules d'Airolles, Triomphe de Vienne, Seigneur Crapeau, Nouvelle Sylvie, Conseiller à la Cour, Saint-Michel, Triomphe du Dumont d'Achy, Bon Chrétien Willame, Saint-Rémy (à cuire), Epine d'Hiver, Passe Colmar doré, Seigneur d'Esperen, Louise Bonne d'Avranches, Catillac, Belle de Soignies. L'angle nord-est du jardin est toujours occupé par une grande serre à châssis métallique dont le faîte du versant dépasse sensiblement le sommet du mur d'enceinte. Les planches de culture potagères sont encore partiellement délimitées par des segments de haies de buis ponctuellement longés par de fruitiers de basse-tige pour partie replantés de variétés anciennes. À proximité de la serre à vignes, petit jardin d'herbes et de plantes officinales récemment aménagé. Le mur oriental, longeant la cour des Espagnols, est à nouveau garni de fruitiers palissés.

L'eau : Une dérivation de la Dendre traverse le site du sud au nord. L'hôpital est établi en rive gauche et une passerelle couverte le relie à la ferme. Le bief pour partie canalisé alimentait en aval plusieurs moulins. Derrière le jardin de la Porte à Vau, ses berges naturelles accueillent une végétation herbacée et quelques aulnes.

État de conservation : À l'instar des bâtiments plusieurs fois reconstruits, les jardins subsistants relèvent d'aménagements plus ou moins récents voire contemporains. Toutefois, leur emprise et leurs limites sont très anciennes et ont été à peine modifiées depuis le début du XVIIIe siècle. L'oratoire conservé dans le grand jardin atteste de l'utilisation ancienne de cette partie de l'espace (angle nord-ouest) comme cimetière des religieuses. Celui-ci est toutefois désaffecté dès le début du XIXe siècle et converti en jardin d'agrément comme en témoigne des photographies antérieures à 1914. Des topiaires et des plantes en pot occupent alors des parterres bordés de filets de buis. La plus grande partie du jardin est quant à elle réservée à la culture de poiriers et ce jusqu'en 1940 au moins. Le jardin du cloître n'est guère évoqué avant la fin du XIXe siècle où des chemins obliques divisent l'espace en parterres triangulaires bordés de filets de buis et plantés de lignes de rosiers-tiges. À l'intérieur sont disposés des végétaux persistants en caisse ou en pot (laurier-rose et cordyline). Une carte postale éditée pour faire la publicité de l'helkiase au début du XXe siècle atteste des changements : la division géométrique a fait place à une surface enherbée coupée en son milieu par une circulation en S reliant les portes des galeries opposées au cloître. Quelques plantes vivaces en terre agrémentent alors les abords du péristyle du puits. Le pourtour du jardin et la circulation sont, dès cette époque, pavés. Cet état, complété de diverses plantations arbustives dans les années 1950, a été maintenu jusqu'à la fin du XXe siècle. Le jardin situé près de la Porte à Vau (derrière le bâtiment dit des Espagnols) conserve quelques couches et des fruitiers moribonds témoignant de son affectation aux cultures potagères et aux semis. Dans les années 1990, grâce à l'aide financière d'une société pharmaceutique, le potager-verger a été replanté de variétés anciennes de pommiers et de poiriers et des carrés d'officinales ont été créés près de la serre. Dans le cadre de l'objectif II, les différents jardins clos devraient être revalorisés en complément de l'important programme de restauration des bâtiments et de revalorisation de l'espace muséal.

Maintenance : Les différents espaces jardinés ont été récemment nettoyés. Les nombreuses lignes de plantes potagères sont régulièrement semées et récoltées. Les chemins de terre sont sarclés pour leur rendre un profil régulier, les parterres de plantes officinales font l'objet d'une maintenance attentive. Des soins minimums sont accordés aux plantations des abords de la glacière.

Projet de restauration : Projet Objectif II.